Boa dica pros amigos que precisam que suas taxonomias não hierárquicas (ou seja, as que funcionam como tags e usam um campo de texto para preenchimento) funcionem com uma interface um pouco mais amigável.
Basicamente, o código remove a meta box padrão criada pela taxonomia e adiciona a nova através de uma walker class personalizada, uma modificação da Walker_Category_Checklist. Essa classe é necessária para que seja feita a mudança dos valores dos inputs, pois as taxonomias hierárquicas são referenciadas por IDs, enquanto as que não possuem pais nem filhos usam o próprio slug registrado.
Criei um gist também para facilitar a localização do código.